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原論文[1,2]の結合データの解析結果と
本ツールでの問題部分の処理方法
[ English / 日本語 ]
原論文[1,2]には，極わずかですが，結合情報が正確に読み取れない，あるいはその解釈が複数可能な部分があります．
データベース[3]では，
それらの該当箇所に"wf[1-33]"，"wt[1-3]"，"af[1-15]"というコメントインデックスを付けてあります．
原論文[1,2]の結合データに関しては詳しい解析がされていて，
レポート[4]にまとめられています．
そして，その第2節では，コメントインデックスが付けられているいくつかの問題箇所に対して修正案が示されています．
本ツールにおいてナプス結合数を算出する際には，それらの修正案を採用しました．
また，それらに加えて，以下のような対処をとりました．
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"wf5"と"wf6"に関しては，
ギャップ結合をダブルカウントしないように対処した．
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"wf13"に関しては，
該当するシナプスの半分に対するレファレンスニューロンはRIPLではなくRIPRとした．
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"wf25"に関しては，
パートナーニューロンはRMVDLではなくRMDVLとした．
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"af1"に関しては，
I2LとNSM[L,R]のシナプス結合タイプを"S"(Send)，
M4とMC[L,R]のシナプス結合タイプを"M"(Muscle synapse)とした．
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"af5"に関しては，
神経筋接合の結合先を原論文[2]の図から判断して決めた．
ただし，それはかなりあいまいである．
参考文献
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J. G. White, E. Southgate, J. N. Thomson and S. Brenner,
"The Structure of the Nervous System of the Nematode Caenorhabditis elegans",
Phil. Trans. R. Soc. London, B 314 (1986) 1-340.
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D. G. Albertson and J. N. Thomson,
"The Pharynx of Caenorhabditis elegans",
Phil. Trans. R. Soc. London, B 275 (1976) 299-325.
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K. Oshio, Y. Iwasaki, S. Morita, Y. Osana, S. Gomi,
E. Akiyama, K. Omata, K. Oka and K. Kawamura,
"Database of Synaptic Connectivity of C. elegans
for Computation",
Technical Report of CCeP, Keio Future, No.3, (2003) Keio University.
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K. Kawamura,
"Analysis of anatomical data in 'The Mind of Worm'",
(2005) Keio University.
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