Online Tool: Database of Synaptic Connectivity of C. elegans

NOTES

シナプス結合数は本データベース[3]に含まれる次の4つのデータファイルを利用して算出しています．

(a) synapse_WF.txt:	原論文[1]で図示されている体性神経系のデータ
(b) synapse_WT.txt:	原論文[1]で表としてまとめられている体性神経系のデータ
(c) White_Text.txt:	原論文[1]の文中(pp.215-216)に記述されているPDAとPDBに関するデータ
(d) synapse_AF.txt:	原論文[2]で図示されている咽頭神経系のデータ

原論文[1,2]には，極わずかですが，結合情報が正確に読み取れない，あるいはその解釈が複数可能な部分があります．そのような問題部分をどのように処理したかによって，算出したシナプスの結合数に違いが生じる場合があります．そこでデータベース[3](上記4つのデータファイル)では，問題部分をそのままデータ化するかわりに該当箇所にコメントインデックスを付け，その処理方法を利用者に任せるというスタイルをとりました．本ツールで結合数を算出する際に，問題部分をどのように処理したかについてはこちらを御覧ください．
原論文[1,2]の結合データの解析結果と問題部分の処理方法に関するページへ
さらに，上記(a)のデータと(b)のデータが互いに補完的ではないという問題があります[White, 私信]．したがって，これらのデータから算出した結合数をそのまま加算すると，シナプスをダブルカウントすることになります．本ツールではこれらのデータファイルから算出したシナプスの結合数を別々に表示します．なお，本ツールが提示するシナプスの結合数と，他のデータベースが提示する結合数が異なる場合がありますが，それは上記のようなことに起因します．
結合情報が整合的である場合，ニューロン"A"がニューロン"B"に送っているというシナプスの数 #Send(A --> B) は，ニューロン"B"がニューロン"A"から受け取っているという数 #Receive(B <-- A) に等しく，#Send(A --> B) = #Receive(B <-- A) となっているはずです．論文[1]の結合情報の大部分はこの関係式を満たし，整合的です．しかし，極わずかですが整合性の無い部分もあります．そのような場合，本ツールでは多い方の数のみを表示しています．すなわち，
"A"から"B"へのシナプス数 = MAX( #Send(A --> B), #Receive(B <-- A) )

参考文献

J. G. White, E. Southgate, J. N. Thomson and S. Brenner, "The Structure of the Nervous System of the Nematode Caenorhabditis elegans", Phil. Trans. R. Soc. London, B 314 (1986) 1-340.
D. G. Albertson and J. N. Thomson, "The Pharynx of Caenorhabditis elegans", Phil. Trans. R. Soc. London, B 275 (1976) 299-325.
K. Oshio, Y. Iwasaki, S. Morita, Y. Osana, S. Gomi, E. Akiyama, K. Omata, K. Oka and K. Kawamura, "Database of Synaptic Connectivity of C. elegans for Computation", Technical Report of CCeP, Keio Future, No.3, (2003) Keio University.